O Programa de Pós-Graduação em Ecologia e Evolução (PPGEE) -Mestrado e Doutorado - foi recomendado pela CAPES em fevereiro de 2006 e atingiu em 2010, o nível 5. O PPGEE é composto por docentes da UERJ e de outras Instituições que desenvolvem pesquisas com seus alunos e/ou em colaboração com renomados pesquisadores brasileiros e estrangeiros cujos resultados vem sendo publicados em importantes periódicos nacionais e internacionais. Nesse contexto, a participação discente é um elemento de destaque.

O objetivo central do PPGEE, é a qualificação (mestres e doutores) de profissionais, com formação consistente em Ecologia e Evolução, com prática de campo e de laboratório e com capacidade de criação, elaboração e desenvolvimento de projetos, que resultem na geração de informação científica, promovendo o avanço das teorias e do conhecimento em Ecologia e Evolução, subsidiando o manejo, conservação e o uso racional dos ecossistemas, em especial no sudeste brasileiro, em áreas de Mata Atlântica.