O Programa de Pós-Graduação em Ecologia e Evolução (PPGEE), cursos de Mestrado e Doutorado, foi recomendado pela CAPES em fevereiro de 2006 e surge a partir do desmembramento da Área de Concentração em Ecologia (ACE) atuante, desde 1993, junto ao Programa de Pós-Graduação em Biologia (PPGB) da UERJ. O PPGEE é composto por docentes da UERJ que desenvolvem pesquisas isoladas e/ou em colaboração com renomados pesquisadores brasileiros e estrangeiros. O produto científico oriundo desses projetos vem sendo veiculado em importantes periódicos nacionais e internacionais e, nesse contexto, a participação discente é um elemento que merece destaque.

Os docentes do PPGEE desenvolvem pesquisas em áreas de Mata Atlântica e ecossistemas associados e, em seus estudos, têm sido abordados diversos aspectos da Ecologia de populações e comunidades de diferentes grupos animais e vegetais em ambientes marinhos e costeiros, Mata Atlântica e ecossistemas associados tais como, restingas, lagoas, rios, córregos, manguezais e Campos de Altitude. Estudos de Comportamento, Evolução e Biogeografia também são temas abordados no âmbito do PPGEE.

Constitui objetivo central do PPGEE, além da formação de profissionais qualificados (mestres e doutores), com formação consistente em Ecologia e Evolução, com prática em trabalho de campo e laboratório e capacidade de criação, elaboração e desenvolvimento de projetos, a geração de informação científica que promova o avanço das teorias e do conhecimento em Ecologia e Evolução, com vistas ao manejo, conservação e o uso racional dos ecossistemas, em especial no sudeste brasileiro, em áreas de Mata Atlântica. Neste sentido, os docentes do Departamento de Ecologia, em conjunto com os docentes dos departamentos de Zoologia, Biologia Vegetal e Biofísica e Biometria constituem um grupo naturalmente integrado com objetivos comuns no andamento de suas pesquisas e na formação e qualificação de alunos.

A estrutura curricular do PPGEE consta de disciplinas organizadas em módulos, de acordo com grandes temas relativos à Ecologia e Evolução. Existe a obrigatoriedade do aluno cursar, ao menos, uma disciplina de cada bloco, no entanto a escolha dessa disciplina é livre. Maiores detalhes sobre a estrutura curricular do PPGEE estão disponíveis no seu Regulamento. As disciplinas do PPGEE são ministradas na UERJ campus Maracanã ou no CEADS (Ilha Grande), por docentes e orientadores de seu quadro permanente ou colaboradores, devendo tanto o regime acadêmico quanto a titulação dos docentes obedecer às normas prescritas pelo Conselho Nacional de Educação e aos demais mandamentos universitários em vigor.